Товарищество с ограниченной ответственностью "МЕТТЕК" образовано в декабре 1991 года в Санкт-Петербурге научными сотрудниками лаборатории масс-спектрометрии Ленинградского физико-технического института им. А.Ф.Иоффе. Учредителями ТОО "МЕТТЕК" стали ученики выдающегося ученого, основоположника советской времяпролетной масс-спектрометрии, академика Мамырина Бориса Александровича.
В 1998 г. ТОО реорганизовано в ЗАО.
В 2015 г. ЗАО реорганизовано в АО.
В 2018 г. по решению собрания акционеров, АО "МЕТТЕК" реорганизовано в ООО.